Gefahren Es wird befürchtet, dass die Freisetzung von transgenen Pflanzen, Tieren und Mikroorganismen Risiken für das Ökosystem und für die Gesundheit mit sich bringt, die schwer einschätzbar sind, und einmal freigesetzte Lebewesen sind nicht mehr rückholbar. Es ist bei genveränderten Pflanzen im Freiland wahrscheinlich, dass ein Gentransfer mit Wildarten stattfindet. Durch Übertragung der Herbizidresistenzgene auf Unkräuter könnten sogenannte "Super-Unkräuter" entstehen. Auch Schädlingsresistenz und Antibiotikaresistenz können auf andere Lebewesen übertragen werden. Schwer einschätzbar ist auch, welche gesundheitsschädigenden Stoffwechselprodukte in transgenen Pflanzenzellen entstehen werden. Ausserdem kann das Ökosystem gestört werden, und die Langzeitfolgen sind unbekannt. Bei einer Langzeitbeobachtung des Ökosystems könnten die Folgeschäden noch vor dem Ende des Beobachtungszeitraums bereits irreversibel sein. Die Unübersichtlichkeit durch fremde Gene innerhalb des Erbguts eines Lebewesens und durch transgene Lebewesen innerhalb des Ökosystems wird noch erweitert durch die häufig für den Gentransfer verwendete Methode, Bakterien und Viren für den Transport der zu übertragenden Gene einzusetzen. Die Forschung beschränkt sich meistens auf das Labor, Begleitforschung bei der Freisetzung findet kaum statt.   Es ist völlig unbekannt, wie sich gentechnisch veränderte Lebensmittel beim Langzeitkonsum auswirken. Es entstehen neue Proteine, und damit ein hohes Potential an neuen Allergenen, über das noch nichts vorausgesagt werden kann. Es wird dadurch auch schwieriger, die Ursache für eine Allergie herauszufinden. Antibiotikaresistenzgene werden beim Gentransfer als Erkennungsgene, sogenannte Marker-Gene, an das transferierte Gen gekoppelt, um die Identifikation der erfolgreich gentechnisch behandelten Zellen zu ermöglichen. Dieses Verfahren ist das billigste, um anschließend herauszufinden, in welchen Pflanzen das fremde Gen auch tatsächlich enthalten ist. Es besteht die Gefahr der Übertragung des Resistenzgens auf körpereigene Bakterien des Menschen, so dass Antibiotika im Krankheitsfall dann nicht mehr wirksam sind. Chemiekonzerne lassen Nutzpflanzen gegen ihr hauseigenes Gift resistent machen, um ihre Herbizide besser vermarkten zu können. Auch wenn Befürworter der Gentechnologie so argumentieren, dass durch Gentechnik weniger Giftstoffe in der Landwirtschaft notwendig wären, ist ein Rückgang des Herbizidverbrauchs nicht wirklich zu erwarten. Genmanipulierte Nahrungsmittel haben bisher für den Verbraucher kaum Vorteile: sie sind weder billiger, noch gesünder und sie schmecken auch nicht besser. Die Natur wird zum Laboratorium, mögliche ökologische oder gesundheitliche Schäden können die Forscher heute weder exakt voraussagen noch ausschliessen.